Toen de Tweede Wereldoorlog in het voorjaar van 1940 in volle hevigheid losbarstte, bleef ook België niet buiten schot. Het Belgische leger was niet opgewassen tegen de Duitse Blitzkrieg en gaf zich na 18 dagen van strijd over. De regering was gevlucht naar Londen, terwijl koning Leopold III ervoor koos om in zijn land te blijven. België werd voortaan bestuurd door de Militärverwaltung onder leiding van Alexander von Falkenhausen, maar parallel bleef ook de Belgische overheid in de vorm van het comité van de secretarissen-generaal mee het land besturen.
In tegenstelling tot de Eerste Wereldoorlog heerste er geen unaniem anti-Duitse houding in het land. Paul Struye, de latere senaatsvoorzitter, hield een dagboek bij tijdens de oorlogsjaren. Hij schreef het volgende: "Er was geen spoor van vijandschap tussen de Belgische bevolking en het Duitse leger. Het was een aangename verrassing voor de Belgen de Duitse soldaten te zien, correct in hun houding, in hun allure." Ook Alexandre Galopin, de gouverneur van de Sociéte Générale de Belgique, stelde iets gelijkaardigs vast: "Deze geestesgesteldheid is niet van aard een houding van hardnekkig verzet in de hand te werken..." Het is dan ook geen toeval dat er weinig verzet – en zeker niet in een georganiseerde vorm - te merken viel in de eerste maanden van de bezetting. Heel wat mensen geloofden in een definitieve overwinning van het Duitse leger, zoals ook professor Henri Bernard getuigde: "Wanhoop bij de enen, berusting bij de anderen, verlichting voor velen, vreugde bij enkele bewonderaars van de nieuwe orde. Men moet erkennen dat in die ogenblikken tachtig procent van het leger en van de bevolking geloofde in de beslissende overwinning van het Reich, gezien de snelheid van het Duitse succes en de zwakheid van de Westerse geallieerden."
Dat betekende echter niet dat alle Belgen gewillig de bezetting aanvaardden. Er ontstonden langzaamaan verschillende verzetsgroepen, onder andere gevormd door een aantal militairen die zich niet neerlegden bij de stelling van de koning dat de oorlog voor België gedaan was. Zij wilden de strijd verderzetten aan de zijde van de geallieerden. Anderen keerden zich veeleer af van de regering in Londen en pleitten voor een "rénovation nationale", een politieke vernieuwing van België als een sterke staat onder de rechtstreekse leiding van de koning, en dit van zodra België weer onafhankelijk zou zijn. Dat was niet nieuw: al in de jaren ’30 hadden heel wat militairen de traditionele partijen de rug toegekeerd ten voordele van partijen die het leger wel steunden en voorstander waren van een sterk regime. In "La Nation Belge", een blad dat veel werd gelezen door officieren en oud-militairen werden plannen gemaakt voor een corporatistische staat met een sterke uitvoerende macht rond de koning.
In de zomer van 1940 ontstonden de eerste verzetsbewegingen: "de Phalange" van graaf François-Xavier de Hemricourt de Grunne, "het Heropgericht Leger van België" (ook gekend als Armée Belge Reconstituée, ABR) onder leiding van reserve-kolonel Robert Lentz en "het Belgisch Legioen" van kapitein-commandant Charles Claser. Zij recruteerden overwegend bij de reserve- en beroepsofficieren die in België waren gebleven.
Robert Lentz was een rasechte militair. Zijn vader was officier. Hij ging naar de militaire school, maakte de Eerste Wereldoorlog mee en klom op tot majoor. Toen het leger in 1925 aanzienlijk werd ingekrompen, stapte hij er uit, maar bij het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog werd Lentz weer opgeroepen. Hij diende als stafchef van de 17de Infanterdivisie.
Na de capitulatie zocht Lentz contact met de officieren van zijn eenheid en leden van de Nationale Unie van Reserve-officieren (UNOR), waarvan hij voorziter was. De recrutering verliep echter zeer moeizaam, de organisatie was weinig gestructureerd. Kortom, de ABR was niet van die aard dat het een bedreiging vormde voor de Duitse bezetter.
Toen er nauwe contacten met de Phalange van Grunne werden gelegd, kwam het al gauw tot een fusie van de twee bewegingen in oktober – november 1940.
Net als Lentz was ook Claser een rasechte militair. Na zijn opleiding in de militaire school klom hij snel op tot kapitein-commandant. Hij toonde zijn moed in de achttiendaagse veldtocht. Een dagorder van 24 mei 1940 vermeldde het volgende : "Moedig en dapper stafofficier was hij sedert het begin van de campagne, spontaan, altijd bereid om de moeilijkste en gevaarlijkste opdrachten uit te voeren. Op 24 mei werd hij naar een regiment gezonden dat zwaar in de moeilijkheden zat. Vrijwillig bood hij zich aan. Moedig en dapper wist hij de vluchtenden te verzamelen. Hij wierp zich op als hun leider en de terugtocht werd in feite een aanval tegen de vijand.(...) Hij is een voorbeeld van energie, optimisme, kalme moed en bedachtzaamheid."
Gewond geraakt bij de capitulatie kon Claser uit krijgsgevangenschap ontsnappen en onderduiken. Hij richtte het Belgisch Legioen op. Tijdens de recruteringen van nieuwe leden werden er contacten gelegd met zowel de Phalange als het ABR. Dit resulteerde in de zomer van 1941 in een fusie van deze drie groepen onder de naam Belgisch Legioen / Légion Belge (BL/LB).
De drie bewegingen hadden namelijk veel met elkaar gemeen. Het ging telkens om een groep militairen die de koning vereerde en zich afkeerde van de politici. Bovendien wilden ze de koning een eenheid voor de ordehandhaving ter beschikking stellen zodra het land zijn onafhankelijkheid terug had. In eerste instantie was het de bedoeling de Rijkswacht bij te staan voor ordehandhaving in geval de Duitsers na het eventueel sluiten van een vredesakkoord met Engeland onverwacht het land zouden verlaten. Toen duidelijk werd dat zo’n vredesakkoord er niet onmiddellijk inzat, maakte de idee van ordehandhaving stilaan plaats voor deze van militaire actie.
Claser en zijn naaste medewerker René Gallant zetten zich hard in om de beweging uit te bouwen. Ze trachtten zoveel mogelijk contacten te leggen met andere officieren, oudgedienden, teruggekeerde krijgsgevangenen en rijkswachters. In alle provincies werden in de loop van 1940 en 1941 eenheden gevormd. Enkele reeds bestaande kleinere verzetskernen sloten zich aan (bv. Het Zwart Legioen, het V-leger).
België werd opgesplitst in drie zones: Zone I was Vlaanderen, Zone II Brussel en een deel van Brabant en Wallonië was Zone III. Elke zone was op zijn beurt onderverdeeld in regio’s. De zone Brussel werd georganiseerd door luitenant-kolonel Camille Mardulier, verantwoordelijk voor de agglomeraties Vilvoorde, Leuven, Waver, Eigenbrakel en Halle, en kolonel Gaston Heenen, verantwoordelijk voor Groot-Brussel. De zone Vlaanderen telde vier regio’s: de kust onder leiding van Serruys, Oost- en West-Vlaanderen onder kapitein Edouard Franckx en de regio Antwerpen onder leiding van luitenant-kolonel Paul Housmans. In Limburg kreeg de beweging moeilijk voet aan de grond en daar zouden pas in de loop van 1941 onder impuls van majoor en rijkswachter Ferdinand Coppenolle verschillende secties uitgebouwd worden. De 3de zone Wallonië (met regio’s Luik, Henegouwen en Namen) werd geleid door luitenant-generaal Jules Pire.
De organisatie was op typisch militaire leest geschoeid met een hoofdkwartier, vier leiders en vijf diensten. Er was een generale staf (EMC), een gevechtsorganisatie (OC), een politieke organisatie (OP), een algemene mobiele reserve (RMG) en een aantal andere diensten. De generale staf of het algemene commando bestond uit Claser als de stichter en het hoofd van de gehele organisatie, samen met de hoofden van de andere diensten. Robert Lentz stond aan het hoofd van de gevechtsorganisatie. De mobiele reserve, geleid door kolonel Jules Bastin, viel hier ook onder. Reserve-luitenant Charles Vander Putten leidde de politieke organisatie. Deze hield zich bezig met de samenwerking met andere verzetsbewegingen en vergaarde informatie over de collaboratie. André Boereboom ten slotte beheerde de diensten (bewapening, genie, transmissie, financiën, enz). Elk van de drie zones had een hoofdkwartier: voor Vlaanderen was dat Gent, voor Brussel en Brabant Brussel zelf en voor Wallonië Namen.
Contacten met andere bewegingen of met de Belgische regering, in ballingschap in Londen liepen gezien de oorlogssituatie uiteraard niet van een leien dakje. Vanuit Londen werden pogingen ondernomen om met de verzetsgroepen in de bezette landen contact op te nemen. Al gauw werden agenten gedropt in de hoop dat zij de eerste contacten tot stand konden brengen. Dat gebeurde ook in België. Pierre Vandermies was de eerste agent die in opdracht van de Belgische Staatsveiligheid werd gedropt. Hij vestigde zich in Montpellier in Zuid-Frankrijk van waaruit hij geregeld België bezocht en in contact kwam met de inlichtingendiensten Luc en Zéro. Op dat moment werkten het Belgisch Legioen en Zéro onder leiding van Fernand Kerkhofs al samen. Het was hen echter nog niet gelukt een verbinding met Londen tot stand te brengen. Vermoedelijk via Vandermies kreeg Claser te horen dat de Belgische regering negatief stond tegenover het Belgisch Legioen. Uit de verslagen van Vandermies bleek dat de leden van het Legioen inderdaad niet hoog opliepen met de politici. Zij toonden zich vooral loyaal aan de koning Leopold III. Omdat hij geweigerd had de regering naar Londen te volgen en verkoos in bezet België te blijven, waren de relaties met de regering ernstig vertroebeld geraakt. Overtuigde royalisten zoals Claser, Lentz en hun medewerkers werden door de regeringsleden dan ook met het nodige wantrouwen bekeken. Bovendien had eerste minister Hubert Pierlot reeds voor de oorlog overhoop gelegen met de militairen.
In september 1941 werden Adolphe Lheureux (codenaam Lacquer of Charlier) en Jean Scohier (Conjugal) in de buurt van Dinant gedropt. Zij waren in opdracht van de Special Operations Executive (SOE) op sabotagemissie. Dankzij contacten met Zéro leerden deze saboteurs Claser en het Belgisch Legioen kennen. Scohier zocht contact met Londen, niet alleen in het kader van zijn opdracht maar ook om in te gaan op de wensen van de leiders van het Belgisch Legioen. Deze wilden de zaken met de regering uitklaren en hoopten ook financiële en materiële steun los te weken. Een eerste poging om Claser naar Londen te brengen draaide op niets uit.
Intussen was ook Jean Cassart gedropt. Hij moest contacten leggen met sabotagegroepen en met hergroeperingen van militairen, zoals het Belgisch Legioen. Cassart verdeelde sabotagemateriaal en had ook geld mee, waarvan een deel voor Claser was bedoeld. Toch opvallend, gezien het wantrouwen tussen Londen en het Belgisch Legioen. In ieder geval deed Cassart wat van hem werd verwacht. Het liep echter fout toen hij in december 1941 terug naar Londen wilde om verslag uit te brengen. Duitse troepen lagen in een hinderlaag rond het landingsveld. Cassart en zijn gezellen konden nog net ontsnappen, maar heel wat documenten (in verband met statuten, effectieven, bewapening, wensen en mogelijkheden,...) over het Belgisch Legioen vielen in Duitse handen. Claser tilde weliswaar niet te zwaar aan de verloren documenten (die geen namen bevatten), maar niettemin was het voor de Duitse bezetter een interessante vondst. Cassart zou uiteindelijk nooit in Londen meer geraken, want hij werd op 13 december 1941, samen met enkele leden van de inlichtingendienst Luc, alsnog opgepakt.
Ondanks zijn arrestatie had Cassart er toch voor gezorgd dat Londen een beter zicht had gekregen op de werking en de organisatie van het Belgisch Legioen.
In het voorjaar van 1942 geraakte Claser uiteindelijk in Londen. Philippe de Liedekerke was gedropt in de nacht van 1 op 2 maart 1942 met een gemengde Britse (SOE) en Belgische (Staatsveiligheid) opdracht. Voor de SOE moest de chef van het Belgisch Legioen zo snel mogelijk naar Londen gebracht worden om met hem het militaire verzet op poten te zetten. Via zijn rapporten stelde de Liedekerke Londen op de hoogte van de actuele toestand van het Belgisch Legioen, al klopten zijn cijfers zeker niet allemaal. Zo sprak over 80 000 leden, terwijl er ongeveer 16 000 waren. De Liedekerke oordeelde dat het Legioen vooral met de Britse strijdkrachten nauw wilden samenwerken.
Claser en de Liedekerke vertrokken op 9 april 1942 per trein naar Besançon in Frankrijk. De leider van het Belgisch Legioen had een aantal documenten bij zich, de zogenaamde Ordonnances générales, waaruit de naoorlogse politieke bedoelingen van het Legioen moesten blijken, net als zijn afkeer van de politici. Met behulp van een Franse gids staken ze in Salins-les Bains de demarcatielijn met Vichy-Frankrijk over. Via Toulouse en Perpignan bereikten ze Spanje. Van daaruit leidde hun tocht naar Portugal en uiteindelijk Gibraltar. Pas op 17 juli kwamen de twee mannen aan in Londen.
Claser werd met open armen ontvangen door de Belgische sectie van de SOE (Belgische strijdkrachten in Groot-Brittannië) en Henri Bernard, het hoofd van de 2de sectie van het ministerie voor Landsverdediging. De Belgische Staatsveiligheid kreeg pas dagen later te horen dat Claser was aangekomen, terwijl het hen in principe het eerst toekwam de Belgen die in Engeland aankwamen te ondervragen. De SOE en de Belgische Staatsveiligheid kenden een moeizame samenwerking en dat gold zelfs voor de Belgische diensten (Staatsveiligheid en 2de sectie van het ministerie van Landsverdediging) onderling. Tel daar het diepe wantrouwen (zelfs afkeer) van Claser en het Belgisch Legioen ten opzichte van de Belgische regering bij en het is duidelijk dat een samenwerking geen evidentie was. Willem Ugeux, leider bij Zéro, schreef: "De kleine Belgische nederzetting is steeds verdeeld over twee angsten: de enen vrezen dat dat kommunisten van de bevrijding zullen gebruik maken om de macht te grijpen, de anderen dat de militaire hergroeperingen die macht zouden grijpen om een autoritaire regering te vestigen onder kontrole van koning Leopold. Ze verdenken mekaar wederzijds van het ergste."
Zeker is alleszins dat de Staatsveiligheid nog voor de komst van Claser besliste om de banden met zijn organisatie te verbreken. Waarschijnlijk lagen de verslagen van Vandermies aan de grondslag hiervan. Een nota van Londen aan Ugeux van 22 juni 1942 bewees dit: "Onmogelijk samen te werken met de paramilitairen. Laat ze vallen. [...]"
Ondanks de moeilijkheden en vertroebelde relaties kreeg Claser wel een officiële opdracht. De taak van het Belgisch Legioen bestond in de voorbereiding van militaire operaties in de kustzone en van acties tegen de vijand over het gehele grondgebied. De operaties mochten slechts op bevel van het geallieerde opperbevel in gang worden gezet. Deze opdracht maakte deel uit van een groter geheel: een groots opgezet plan van de geallieerden om in het voorjaar van 1943 een tweede front te openen, waarschijnlijk in Bretagne. Die operatie zou ondersteund worden door misleidingsoperaties elders op het vasteland. Het plan "Action" dat aan Claser werd toevertrouwd, behoorde tot die misleidingsoperaties.
Deze opdracht kwam van de SOE, die verantwoordelijk was voor het organiseren van gewapende acties in de bezette gebieden. Ze was mee opgesteld door Bernard van de 2e sectie van het ministerie van Landsverdediging, ondertekend door Henri Rolin, de onderstaatssecretaris van Defensie, én goedgekeurd door Paul-Henri Spaak, dienstdoend eerste minister in afwezigheid van Pierlot. Geen probleem dus, zo leek het.
Toen op 8 augustus 1942 Claser terugkeerde naar België was het hek echter van de dam. De Belgische regering meende dat hij zonder haar toestemming was vertrokken en beschuldigde de SOE en Claser ervan zich onttrokken te hebben aan een ontmoeting met Spaak. De regering schortte haar relaties met de SOE op én ontsloeg Bernard en Rolin. De Belgische inlichtingendiensten kregen het bevel geen enkel contact meer te onderhouden met Claser en zijn Legioen. Zéro ontving het volgende bericht: "Zoals u weet heeft monsieur Rose (codenaam voor Claser) geen enkele opdracht van de regering ontvangen. Wanneer hij zich in België bevindt, is het zelfs zonder haar medeweten en tegen haar wil. Wat monsieur Rose ook onderneemt, wordt bijgevolg door de regering gedesavoueerd: zij heeft daar niets mee te maken." De relatie met de SOE werd eind 1942 hersteld op voorwaarde dat er geen enkele actie in België meer zou worden ondernomen zonder het gemeenschappelijk akkoord van de Belgische en Britse diensten. Claser echter werd door de regering beschouwd als een gevaar, een bedreiging voor politici die het verzet onder controle wilden houden.
De terugreis van Claser verliep een stuk vlotter dan de heenreis. Op 29 augustus was hij terug in Brussel, maar daar wachtte hem heel wat slecht nieuws. De drie agenten van de 2de sectie van van het ministerie van Landsverdediging, waaronder een radio-operator, waren opgepakt door de Duitse bezetter. Zij moesten het Belgisch Legioen helpen parachutageterreinen voor wapens te zoeken en te zorgen voor een radioverbinding met Londen. Twee nieuwe radio-operatoren werden recht in Duitse handen gedropt. Bovendien waren er ook heel wat leden van het Legioen zelf gearresteerd. Zowat de hele staf van de provincie Henegouwen was opgepakt.
Toch liet Claser zich niet ontmoedigen. De gearresteerden werden snel vervangen, hetgeen Claser sterkte in de overtuiging dat zijn Belgisch Legioen steeds sterker stond. Het was nu zijn taak de opdracht van Londen uit te voeren. Daarom begon hij mensen te recruteren voor het Belgisch Vrijkorps voor Militaire Actie (Corps Franc Belge d’Action Militaire, CFBAM). Het Vrijkorps bestond hoofdzakelijk uit leden van het Belgisch Legioen, maar Claser zocht ook toenadering met andere verzetsgroepen. De Nationale Koninklijke Beweging (NKB) van luitenant-generaal Ernest Graff ging op dit verzoek in.
Er waren twee tactische eenheden. De groep "Aktie" werkte ten westen van de Schelde en was belast met lokale offensieve acties. Ongeveer 1700 leden maakten er deel van uit onder leiding van reserve-kapitein commandant Leopold Stiers. De groep "Neutralisatie" werkte in de rest van het land onder leiding van kapitein Gaëtan Van Nooten. Hun opdracht bestond eruit de Duitse communicatiemiddelen uit te schakelen en de reservetroepen tegen te houden. Ongeveer 1600 actieve leden en 6 000 reservisten moesten hiervoor zorgen.
Dit Vrijkorps werkte los van het Belgisch Legioen, mogelijk uit veiligheidsoverwegingen, maar waarschijnlijk vooral omdat kolonel Bastin, intussen tweede in rang na de aanhouding van Lentz en Vander Putten in mei 1942, gekant was tegen het plan "Action". Bastin had een heel andere visie op de werking van het Belgisch Legioen: hij was namelijk wel bereid trouw de regering in Londen te dienen, evenwel zonder daarom de krijgsgevangen koning Leopold III te verloochenen. Diezelfde koning had intussen Claser laten verstaan dat hij de mogelijke acties van het Vrijkorps niet echt genegen was. Leopold III was bevreesd voor de mogelijke Duitse repressie. Claser stond bijgevolg steeds geïsoleerder: de regering moest hem niet, hij kreeg steeds meer weerstand binnen zijn eigen beweging en nu steunde ook de koning hem niet meer volledig.
Intussen kreeg Claser een nieuwe tegenslag te verwerken met de arrestatie van Boereboom, chef van de diensten, op 28 oktober 1942. Bovendien werden zijn acties nog steeds afgekeurd door de regering in Londen. Desondanks vertrok Claser op 2 november 1942 opnieuw naar Londen. Wilde hij zo zijn isolement alsnog doorbreken? Alleszins geraakte Claser nooit in Londen: op 6 november werd hij samen met zijn adjudant Richard Defroyennes aangehouden en opgesloten door de Franse autoriteiten te Champagnole (Frankrijk). In dezelfde periode werd het Vrije Frankrijk bezet door de Duitsers, waardoor beide verzetsleden in Duitse handen vielen. De Duitsers wisten op dat moment echter niet wie ze te pakken hadden. Eind december 1942 bereikte het nieuws van de aanhouding de staf van het Vrijkorps. Ontsnapping uit de gevangenis van Dôle, waar het tweetal gevangen zat, leek echter niet onmogelijk. Kolonel Brutus Siron, één van topfiguren binnen het Vrijkorps, vertrouwde de opdracht toe aan enkele "Britse" agenten.
Het ging hier echter om Prosper De Zitter en zijn medewerkers. De Zitter en zijn minnares Florentine Giralt werkten als tipgevers bij de Geheime Feldpolizei, waarna ze in 1942 in dienst kwamen van de Duitse Abwehr. De Zitter had jaren in Canada gewoond en sprak feilloos Engels. Hij kon zich dan ook makkelijk voordoen als gestrande Canadese of Britse piloot. Zo won hij het vertrouwen van het verzet en drong hij binnen bij verschillende verzetsgroepen. Hij zette een ontsnappingsroute op voor geallieerde piloten die Brussel wilden verlaten en liet zich daarvoor fors betalen. De route bleek echter in Duitse handen te zijn. In het geval van Claser zorgden de contacten tussen Siron en De Zitter ervoor dat de Duitsers de echte identiteit van Claser kenden. Zijn lot was dan ook bezegeld. Claser en Defroyennes werden overgebracht naar de gevangenis van Sint-Gillis. De Abwehr organiseerde in februari 1943 een gesimuleerde ontsnapping. De leden van het Vrijkorps en het Belgisch Legioen werkten bijgevolg verder in het geloof dat hun leider ontsnapt was, terwijl hij als Nacht-und Nebelgevangene naar Duitsland was getransporteerd. Claser stierf op 13 december 1943 in het concentratiekamp van Gross-Rosen. De vier leiders van het Belgisch Legioen, Claser, Boereboom, Lentz en Van der Putten, waren hiermee uitgeschakeld.
Bastin nam de leiding over van het Belgisch Legioen, terwijl kolonel Siron aan het hoofd van de groep "Aktion" kwam. Het waren echter zware tijden voor de verzetsgroepen, want meerdere vooraanstaande leden werden eind 1942 – begin 1943 gearresteerd. Uit een rapport van de Abwehrstelle Belgien blijkt dat de Duitse inlichtingendienst vrij goed op de hoogte was van de activiteiten en bedoelingen van het Vrijkorps: "Het vrijkorps is vanwege zijn organisatie en zijn leden een zuivere militaire organisatie. Het tracht een Belgisch geheim leger te vormen en heeft zeker geen politiek karakter. Het is zijn bedoeling een opstand te provoceren op dag J, te bepalen door de westelijke geallieerden op het ogenblik van de ontscheping. Met dat doel hebben zij het inzicht enerzijds het bezettingsleger aan te vallen ( een aantal troepen werden voorbehouden om de legers die ontschepen te helpen) een anderzijds schade toe te brengen aan de bezettingsmacht en haar te beletten een defensieve actie uit te voeren (door goed georganiseerde sabotagedaden te stellen)." Heel wat arrestanten overleefden de nazi-kampen niet.
Toch gingen de verzetsactiviteiten onverminderd voort. Gearresteerden werden vervangen, de structuur van het Belgisch Legioen werd verder uitgebouwd en de recrutering ging onverminderd voort. Eind 1942 waren er ongeveer 27 000 leden. Bovendien opende de arrestatie van Claser nieuwe mogelijkheden. De Belgische regering in ballingschap veranderde namelijk haar houding ten opzichte van de militaire weerstand.
Dat laatste was een gevolg van een belangrijke bijeenkomst in juni 1942, nog voor de terugkeer van Claser uit Londen dus. Bastin ontmoette François De Kinder, schoonbroer van de eerste minister Hubert Pierlot én agent van Zéro. Deze ontmoeting werd geregeld door Jean del Marmol, verzetsman en lid van het Belgisch Legioen van het eerste uur. De Kinder was "verbrand" (gekend en gezocht door de Duitsers) en stond op het punt terug te keren naar Londen. Dankzij deze bijeenkomst kreeg Bastin de gelegenheid om in detail de organisatie en het project van het Belgisch Legioen uit te leggen. Zo hoopte Bastin de Belgische regering haar mening over het Legioen te doen herzien.
Gezien de beslissingen die de regering eind 1942 nam, leek dat gelukt. Op 30 december 1942 tekende de eerste minister een opdrachtsbevel voor kolonel Bastin. Daarin kreeg hij de leiding over alle bestaande militaire verzetsgroepen. Hij moest deze formaties groeperen en hun activiteiten coördineren. Het einddoel werd duidelijk omschreven: de vijand bestrijden en bijdragen tot de bevrijding van het vaderland. Elke voorbarige actie moest echter vermeden worden, zodat de Duitsers geen represailles zouden nemen. De relaties tussen de SOE en de Belgische instanties werden terug genormaliseerd.
Bastin herorganiseerde, op basis van de nieuwe richtlijnen, het Belgisch Legioen. De beweging werd voortaan "het Leger van België" (LVB of Armée de Belgique, AB) genoemd. Op die manier wilde hij de politieke bijklank ervan doen vergeten.
Hij duidde kolonel Yvan Gerard aan als zijn opvolger en stelde zijn staf samen. Daarin was een belangrijke rol weggegelegd voor Albert Melchior als stafchef en Jean del Marmol als verantwoordelijke voor de relaties met de burgerlijke overheid en andere groeperingen.
Tot slot stelde Bastin een nieuwe structuur op, een structuur die leidde tot een belangrijke decentralisatie en zo beter aangepast was aan de clandestiene strijd. In plaats van drie kwamen er vijf zones. Zone I bestond uit de provincies Namen en Henegouwen. De leiding lag bij generaal Jules Pire, de bevelvoerder over de vroegere zone III. De zone II onder leiding van luitenant-kolonel Paul Housmans, beperkte zich tot Antwerpen. Oost- en West-Vlaanderen, zone III, vielen onder kapitein Edouard Franckx. Zone IV omvatte Brabant en werd geleid door kolonel Emile Gilbert. De laatste zone bestond uit Limburg, Luxemburg en Luik en stond onder het bevel van kolonel Ivan Gerard.
De moeilijkste taak was vooral de verschillende bestaande militaire organisaties te coördineren. Bastin begon met de integratie van het Vrijkorps in het Leger van België, een operatie die nooit echt gelukt is. De toenadering tot het Bevrijdingsleger (Armée de Libération, AL) liep wel vlot. Dat resulteerde in een akkoord tot samenwerking op 20 april 1943. Er werd beslist dat het Bevrijdingsleger al zijn militaire middelen ter beschikking stelde van het Leger van België en voor de rest zijn acties zou coördineren met de chef van het Leger van België.
Ook met de Witte Brigade, de Antwerpse verzetsgroep van Marcel Louette, werden gesprekken gevoerd. De arrestatie van Louette in januari 1943 maakte hieraan echter een einde. De Nationale Koninklijke Beweging had dan wel samengewerkt met betrekking tot het Vrijkorps, maar zich nu onder Bastin plaatsen was toch een brug te ver. Ook met het Onafhankelijkheidsfront, sterk beïnvloed door het communisme, kwam er geen toenadering. Gezien de standpunten van deze groeperingen sterk verschilden met die van het Leger van België kon dat geen verrassing genoemd worden. Dat er geen samenwerking kwam met meer gematigde organisaties zoals Groep G of de Belgische Nationale Beweging (BNB, Mouvement National Belge) is moeilijker te verklaren. Misschien is het er simpelweg niet van gekomen.
In april 1943 werd Bastin immers al aangehouden. De eerder vermelde Abwehr-agent Prosper de Zitter was geïnfiltreerd in het Vrijkorps. De Duitsers kenden intussen meer dan 200 belangrijke vertegenwoordigers van het Vrijkorps. In het voorjaar van 1943 besloten ze tot de actie over te gaan. De Zitter, opnieuw in zijn rol als gedropte agent, maakte kolonel Siron wijs dat hij, als vertegenwoordiger van de regering, een ontmoeting met de verschillende hoofden van de het Leger van België en het Vrijkorps moest leiden. Het doel was een goed zicht krijgen op de toestand van de verschillende militaire formaties en hun samensmelting tot stand te brengen. Op 27 april 1943 werd een vergadering gepland in de buurt van Luik. Bastin trok er naartoe, samen met zijn stafchef kolonel Armand Adam, kapitein Gaëtan Van Nooten en luitenant Jean Quinet. Ook kolonel Siron van het Vrijkorps was er. Bij het begin van de vergadering viel de Geheime Feldpolizei binnen. Siron en Adam werden neergeschoten en overleden aan hun overwondingen, de anderen werden gearresteerd. In de weken nadien volgden nog tientallen arrestaties. Zowat de hele staf en de voornaamste figuren van het Vrijkorps werden opgepakt. Dit betekende de facto het einde van deze beweging. De overblijvende leden sloten zich aan bij andere verzetsgroepen, zoals het Onafhankelijkheidsfront.
Bastin werd vrij snel vrijgelaten. Ter verdediging had hij aangevoerd dat het Leger van België geen verzetsbeweging was, maar een actiegroep tegen het communisme. Het is onwaarschijnlijk dat de Duitsers dit geloofden. Ze wilden via de vrijgelaten Bastin de militaire formaties beter in de gaten kunnen houden. In december werd hij opnieuw opgepakt, samen met luitenant-kolonel Camille Mardulier (voormalig hoofd van zone Brussel en nu chef van de militaire sabotage). Beide heren belandden uiteindelijk in Gross-Rosen, waar ze in december 1944 om het leven kwamen. De leiding kwam te liggen bij kolonel Gerard.
Intussen waren, op initiatief van de Belgische regering, vijf ploegen boven bezet België geparachuteerd met de bedoeling wapens, munitie, springstoffen en ander materiaal aan de verzetsgroepen te bezorgen. Heel wat van dat materiaal kwam in Duitse handen terecht, onder meer door alweer het werk van De Zitter. Gelukkig kwam één van de belangrijkste zendingen wel goed terecht. Op 23 juli 1943 was reservekapitein Adelin Marissal in Frankrijk afgezet. Hij was belast met het overbrengen van de globale plannen van de regering voor het gewapend verzet. Dit document, gecamoufleerd als brochure met als titel "Het paard van Troje", gaf de richtlijnen voor de organisatie en de actie van het Geheim Leger, een sabotageplan met onmiddellijk uit te voeren acties, het plan voor het militair optreden bij de bevrijding en ook de bevestiging van een opperbevelhebber voor alle militaire formaties. Opvallend is dat door het gebruik van de term "Geheim Leger" de brochure vooruit liep op een beslissing die pas op 1 juni 1944 werd genomen: het Leger van België heette voortaan het Geheim Leger. De regering weigerde wel mee te gaan in de redenering dat het Leger van België het geregeld Belgisch leger vormde dat enkel door de omstandigheden in de clandestiniteit opereerde. Met de naamswijziging was er geen verwarring mogelijk bij de (toekomstige) vorming van een nieuw Belgisch leger. Het Geheim Leger zou ook pas in actie mogen komen, wanneer de geallieerde landing een feit was.
In ieder geval werden deze richtlijnen en de aankondiging van nog meer parachutedroppings positief onthaald door Gerard en de zijnen: "Ons enthousiasme kent geen grenzen meer, toen we vernamen dat onze goede boodschapper drager was van dit alles, dat wij geschreven richtlijnen en orders zouden ontvangen en dat systematische parachutages zouden beginnen. [...]"
Vooral de laatste is cruciaal van belang voor het welslagen van de plannen. De geheime troepen moesten beschikken over voldoende wapens, munitie, zendmateriaal, en dergelijke. Daar werd hard aan gewerkt in de eerste maanden van 1944. Deze droppings waren echter geen sinecure. Alvorens het materiaal en/of de agenten te kunnen afwerpen moesten er eerst geheime afwerpterreinen bepaald worden die pas na goedkeuring van de Royal Air Force (RAF) in aanmerking kwamen.
In totaal werden 82 mogelijke plaatsen voor België voorgesteld, maar daarvan werd meer dan 50% afgekeurd. Deze droppingzones moesten aan zeer strenge, maar logische eisen voldoen (zoals niet in de dichte nabijheid van Duitse eenheden of FLAK-opstellingen liggen, maar wel in de nabijheid van een geschikte opslagplaats, weinig zichtbaar zijn voor indiscrete ogen,…). Terwijl voor de Ardennen praktisch alle terreinen aanvaard werden, waren er b.v. voor zone III slechts 4 die voldeden onder meer als gevolg van de permanente aanwezigheid van Duitse divisies.
Het parachuteren (dat in principe enkel ‘s nachts gebeurde en bij volle maan) werd aangekondigd in de BBC-uitzendingen bestemd voor België. Dit gebeurde onder vorm van vooraf afgesproken codezinnen ("persoonlijke boodschappen") waarbij de pleinen aangeduid werden door o.a. namen van vissen, vogels, planten, viervoeters, reptielen, bloemen, personen of steden uit de oudheid… Een "ontvangstcomité" moest vier lampen (1 witte en 3 rode) opstellen. De gebruikte vliegtuigen, meestal in het zwart geschilderd, waren vooral bommenwerpers van het type "Short Stirling", "Armstrong Whitworth Whitly", "Handley Page Halifax", "Avro Lancaster", "Boeing B-17″ of "Boeing B-24 Liberator".
Zone I bekwam in totaal 29 parachutages met 358 containers;
Zone II ontving 4 droppings met 27 containers;
Zone III 8 droppings met 86 containers;
Zone IV 26 parachutages met 303 containers en 8 agenten;
Zone V tenslotte 53 droppings met 524 containers en 50 agenten.
Een groot deel daarvan (meer dan 700 containers) werd gedropt tussen maart en juni 1944. Nadien daalde dat aantal: de RAF gaf na de landing in Normandië prioriteit aan droppings in Frankrijk. Toch volgden er in de maanden juli, augustus en september nog een 400-tal containers. Dankzij deze droppings beschikte het Geheim Leger over meer dan 7500 individuele wapens. Opvallend was dat zone II en III beduidend minder droppings ontvingen, wat een rechtstreeks gevolg was van de gevaarlijkere omstandigheden waarin de RAF boven deze gebieden moest werken. Nochtans lag in zone II de cruciale haven van Antwerpen.
Eind februari 1944 droeg kolonel Gerard de leiding over aan generaal Pire. Gerard zijn leiderschap was niet onbetwist. Hij verkoos om het bevel over te dragen aan een hiërarchische meerdere en vertrok in maart 1944 naar Londen. Pire werd aanvaard als opvolger door de regering in Londen. Op bevel van datzelfde Londen werd de verzetsgroep herdoopt tot het Geheim Leger (Armée Secrète, GL/AS) dat intussen meer dan 50 000 leden (zowel militairen als burgers) telde.
Vanaf 1943 hadden de verzetsleden reeds meerdere sabotage-acties ondernomen. In die context werd de sabotagegroep Dienst Hotton vanaf eind 1943 aan het Geheim Leger toegevoegd. Die dienst pleegde aanslagen en saboteerde de Duitse militaire troepenbewegingen. Toch volgde de echte actie vanaf juni 1944, na de landing in Normandië op 6 juni.
Op 1 juni berichtte de BBC: "Message pour la petite Berthe: la frondaison des arbres vous cache le vieux moulin" (Het loof van de bomen ontneemt jullie het zicht op de oude molen). Met deze boodschap werd aan de verzetsgroepen duidelijk gemaakt dat ze binnen de veertien dagen zouden worden ingezet. Op 8 juni volgde dan: "Le roi Salomon a mis ses gros sabots" (Koning Salomon heeft zijn grote klompen aangetrokken). Dit betekende dat het Geheim Leger moest starten met zijn acties tegen de spoorverbindingen en de wegenbruggen. En dat deden ze: onder meer 95 spoorwegbruggen werden opgeblazen, 285 locomotieven en 1.365 goederenwagons, 12 bruggen, 15 sluizen en 17 tunnels werden onklaar gemaakt. Vele telefoonkabels werden doorgesneden en telefooncentrales buiten werking gesteld.
Eén van de meest opvallende acties vond plaats in de buurt van Spontin in de provincie Namen. Er bevonden zich enkele benzine-tankwagons in de tunnel van Spontin. De bedoeling was om deze tanks, gevuld met ongeveer een kwart miljoen liter benzine, te vernietigen. Het plan was eenvoudig. Elke dag vertrok er een trein, geladen met kalk, vanuit Spontin naar Ciney. De trein werd gestopt aan de laatste halte waar de achterste stootkussens werden gevuld met springstof. Nadien werd de trein teruggestuurd naar de tunnel. Nadat de springstoffen geplaatst waren, werd de trein de tunnel binnengerold. Hij knalde tegen de tankwagens. De explosie was enorm: de tunnel zou maar liefst acht dagen blijven branden. Met deze actie verdiende het Geheim Leger een speciale vermelding op de BBC-radio.
Als gevolg van een tekort aan springstoffen slaagden ze er niet in het Duitse vervoer- en communicatienetwerk helemaal te blokkeren. Toch kon het Geheim Leger een indrukwekkende balans van sabotage-acties voorleggen. Generaal Pire en zijn manschappen werden daarvoor ook gefeliciteerd door generaal Dwight Eisenhower: "I am completely satisfied with the results obtained by the Secret Army in Belgium during the first weeks of action. These results have had a considerable influence on the ennemy’s transportation. To you and the officers and men under your command, i send my sincere congratulations. [...]"
Op 31 augustus 1944 werd het sein gegeven voor de tweede fase. De verzetsleden moesten zich terugtrekken in de schuiloorden (refuges) om van daaruit gewapende acties te ondernemen. De sabotage van het vijandelijke communicatienetwerk moest worden verdergezet, maar nu mochten ook guerilla-acties ondernomen worden tegen vliegtuigen, vliegvelden en vijandelijke troepen. Deze acties waren duidelijk meer beperkt in aantal, gezien het relatief laag aantal gewapende strijders én de snelle opmars van de geallieerden. Ze vonden bovendien overwegend plaats in Wallonië, waar de geografie dergelijke acties makkelijker uitvoerbaar maakte.
Dat betekent niet dat er in Vlaanderen niets gebeurde. Hier waren heel wat acties gericht op het beschermen van strategische plaatsen en belangrijke verkeersknooppunten. Zo voorkwam het Geheim Leger in de sector Aalst de vernietiging van de bruggen over de Dender, hetgeen de opmars van de Britse troepen aanzienlijk vermakkelijkte. De havens van Brugge en Gent vielen onbeschadigd in geallieerde handen dankzij de inzet van het Geheim Leger. Bij vele acties werden ze bijgestaan door geallieerde troepen en andere verzetsorganisaties.
De meest opvallende en waarschijnlijk zelfs de belangrijkste onderneming was de bevrijding van de haven van Antwerpen in september 1944. Bij hun aankomst in België waren de geallieerden nog altijd afhankelijk van de kunstmatige havens in Normandië voor het geheel van hun logistieke bevoorrading, want de Duitsers hadden de Atlantische havens onbruikbaar gemaakt. Het was dus essentieel dat de geallieerden konden beschikken over de haven van Antwerpen om hun finale aanval tegen het Derde Rijk in te zetten. Philippe de Liederkerke, die eerder Claser naar Londen bracht, werd speciaal naar België gezonden om de voorbereiding van deze complexe operatie te coördineren. Dit moest een gezamenlijke actie worden van het Geheim Leger, het Onafhankelijkheidsfront, de Groep G, de Witte Brigade-Fidelio en de NKB. Daarnaast waren er heel wat taken te verdelen: de bewaking van de toegang tot de haven, de beveiliging van de kaaien en de sluizen plus de beveiliging van de aandrijvingsinstallatie, het vlottend materiaal, de petroleuminstallaties en de tunnels onder de Schelde. De leiding van de operatie zelf lag bij luitenant Urbain Reniers.
Begin september maakten de Duitsers aanstalten om de kades van de haven en de bruggen in de buurt op te blazen. Luitenant Robert Vekemans die de hele omgeving goed had verkend, had een alternatief traject uitgestippeld dat de Britse troepen in staat stelde om het kanaal van Willebroek en de Rupel over te steken en een onverwachte aanval uit te voeren op de Duitse post die belast was met het opblazen van de twee voornaamste bruggen. Met behulp van het Onafhankelijkheidsfront viel de grote brug over de Rupel in handen van de Britten. De brug over het kanaal van Willebroek werd opgeblazen, maar hier bracht een Baileybrug snel de oplossing. Hiermee lag de weg naar Antwerpen zelf open.
De snelle opmars van de Britse 11th Armoured Division richting Antwerpen verraste niet alleen de Duitse bezetters, maar ook de verzetsleden zelf. Zij konden zich met moeite tijdig klaarmaken voor de actie. Door een gebrek aan manschappen en wapens beperkten ze zich tot het beveiligen van vitale punten, het verschaffen van inlichtingen en het gidsen van de Britse troepen. Enkele eenheden namen ook deel aan de gevechten in het centrum van de stad. Dankzij de inzet van de verzetsleden en het snelle oprukken van de Britten viel de Antwerpse haven al op 4 september quasi intact in geallieerde handen.
Ook tijdens en na de verdere bevrijding van België in de volgende septemberweken bleef het Geheim Leger zijn rol spelen met steun aan de geallieerde troepen via verkennings- en infanterieopdrachten.
Eind september was het grootste deel van België bevrijd, maar ook nadien speelde het Geheim Leger nog een belangrijke rol in het handhaven van de orde. Meestal handelden de verzetsleden op vraag van lokale autoriteiten om goederen en burgers te beschermen tegen de wraakzucht van de bevolking. Ook pakten ze tientallen collaborateurs op.
Op 3 oktober 1944 vaardigde generaal Dwight Eisenhower een dagorde uit gericht aan de officieren en manschappen van alle Belgische vezetsorganisaties waarbij hij hen opriep de wapens in te leveren en de strijd tegen de vijand voort te zetten als lid van een nieuw regelmatig Belgisch leger. Op 10 oktober 1944 stuurde generaal Pire een proclamatie aan zijn troepen waarbij hij de demobilisatie van het Geheim Leger aankondigde. De demobilisatie ging op 15 oktober 1944 effectief in.
Na de bevrijding werden meer dan 50 000 leden van het Geheim Leger erkend als gewapend weerstander. Dat betekent niet dat zij allen werkelijk gewapend actief zijn geweest. Er waren naast de leiders, de sabotagegroepen, de onthaalcomités bij de parachutages en gedropte agenten vele andere helpers, zoals mensen die werkweigeraars onderdak en voedsel verschaften of hielpen bij het coderen van boodschappen.
Meer dan 7 000 leden kenden minstens twee maanden opsluiting in de Duitse gevangenissen of concentratiekampen. In totaal vielen er 4.034 doden te betreuren waarvan:
- 1.069 in actie (waaronder 9 vrouwen)
- 657 terechtgesteld (waaronder 8 vrouwen)
- 2.195 dood in gevangenschap (52 vrouwen)
Generaal Pire trachtte in de eerste maanden na de oorlog een speciaal statuut voor het Geheim Leger te verkrijgen. Hij was steeds van mening geweest dat zijn groep in feite het Belgische leger was dat door de omstandigheden ondergronds moest opereren. De Belgische regering was die zienswijze tijdens de oorlog al niet genegen en bleef ook nadien bij dat standpunt. Het Geheim Leger werd dus op hetzelfde niveau geplaatst als de andere gewapende verzetsgroepen. Ondanks een ellenlange parlementaire procedure die zelfs tot in de jaren ’70 aansleepte, veranderde er echter niets. Een bittere pil voor vele GL-leden.
De leden van het Geheim Leger richtten in 1948 hun eigen organisatie op: de (Koninklijke) Unie der Verbroederingen van het Geheim Leger ((K)UVGL). Het tijdschrift Pygmalion (schuilnaam van generaal Pire tijdens de oorlog) zou het contact onder de leden verder blijven onderhouden. Naast de tussenkomst of steunverlening aan gewezen weerstanders van het Geheim Leger en hun nabestaanden door de Sociale Dienst van het Geheim Leger organiseerde de Unie jaarlijks, en afwisselend zowel in Vlaanderen als in Wallonie, een grote nationale bijeenkomst met defilé en feestmaaltijd. Dit gebeurde meestal ter gelegenheid van plaatselijke bevrijdingsfeesten in de maand september. Daarbij waren talrijke leden van de verschillende Verbroederingen steeds present op de 11 november, 15 november,en 8 mei- vieringen en werd ook de laatste eer bewezen aan overleden strijdmakkers.
De KUVGL werd in 2001 vervangen door de "Stichting Geheim Leger ‐ 1940/1945 ‐ Fondation Armée Secrète" met als doel het aandenken te behartigen van de offers gebracht door de leden van het Geheim Leger tijdens de oorlog 1940‐45.