In december 1944 begon het Duitse leger met het confisqueren van de forten ondanks de wetenschap dat de meeste forten niet in staat waren om het Rode Leger tegen te houden. Sommige forten waren in de Eerste Wereldoorlog beschadigd geraakt. Fort 2 “Kościuszko” (omgedoopt tot Fort “Liszt”) kreeg een functie als communicatiecentrum en hoofdkwartier voor de verdediging van de stad. Fort 43 “Pasternik” werd het coördinatiecentrum van de ondermijning van Kraków. Hitler had namelijk bevolen dat de tactiek van de verschroeide aarde op de stad toegepast moest worden indien er sprake zou zijn van een onvermijdelijke inname door het Rode Leger. Tussen september 1944 en januari 1945 waren Duitse sappeurs bezig met het ondermijnen van belangrijke gebouwen en monumenten in Kraków.
Ten oosten, noorden en westen van Kraków begon de Organisation Todt in opdracht van het Duitse leger met het de bouw van mitrailleurnesten, veldfortificaties, loopgraven en tankversperringen. Deze verdedigingslijn, Stellung OHK Stellung B-1 genaamd, liep in het oosten achter de Rabe-rivier tussen de dorpjes Brzesko, Bochnia en Tarnów. In het noorden liep de lijn in de heuvels tussen Słomniki, Łuczyce, Przebieczany en Podgórze. Ook het Szreniawa- dal werd voor een deel gefortificeerd. In het westen liep de lijn van de rotsen bij Krzeszowice tot Rybna. Deze voorwaartse verdedigingslijn werd voorzien van Ringstand 67 “Tobruk” bunkers, Regelbau 701-kazematten, mitrailleursnesten, schuilplaatsen en stationaire tankkoepels. De dwangarbeiders die hier te werk werden gesteld bestonden vooral uit lokale bewoners.
De oude forten in en rond Kraków werden in 2 verdedigingslinies verdeeld:
De verdedigingslinie “Henryka” bestond uit de volgende forten: Fort 44 “Tonie”, Fort 45 “Zielonki”, Fort 45a “Bibice”, Fort 49˝a “Mogiła”, Fort 47a “Węgrzce”, Fort 48 “Batowice”, Fort 49a “Dlubnia”, Fort 49 Ľ “Grębałów”, Fort 50 “Prokocim”, Fort 50 ˝ “o Barycz”, Fort 51 “Rajsko” en Fort 52 ˝ “N Sidzina”. Het Fort 31 “aw Benedykt” huisvestte een zware luchtafweerbatterij. In de stad zelf werden sommige gebouwen veranderd in steunpunten, zoals overheidsgebouwen, militaire en politiebarakken, energiecentrales en het postkantoor (Poczta Główna) van Kraków. De Duitse wijk in de buurt van de Królewskastraat vormde een belangrijk steunpunt in het centrum van de stad. Het Błonia-park werd klaargemaakt als noodvliegveld voor eventuele evacuatie en bevoorrading. Daarnaast werden in de straten van Kraków ongeveer 240 drakentanden (een type betonnen tankversperring) geplaatst en de bruggen over de Wisła-rivier voorzien van betonnen brugkazematten. De Universiteit van Technologie en Wetenschap (AGH), de Jagiellonische Bibliotheek en het Nationaal Museum waren al in 1944 voorzien van luchtafweer.
De AK (Armia Krajowa; Poolse Thuisleger – de belangrijkste verzetsorganisatie in Polen) in Kraków plande een opstand op 10 oktober 1944. Het AK in Kraków bestond uit 60 ŕ 90 duizend troepen. Deze opstand heeft nooit plaats gevonden om de volgende redenen:
Deze aartsbisschop verzocht Generaloberst Josef Harpe, commandant van de Heeresgruppe Nordukraine, om Kraków tot ‘open stad’ te verklaren om de burgers en historische gebouwen te redden. In antwoord op dit verzoek verklaarde Harpe op 7 augustus 1944 dat de Wehrmacht de stad zou verdedigen. Zijn troepen zouden proberen om de burgers te sparen, maar indien een opstand in de stad op handen was zou Kraków met de grond gelijk gemaakt worden.
Op 17 januari gaf het Sovjet-opperbevel (STAVKA) de volgende twee opdrachten aan maarschalk Konev:
Maarschalk Ivan Konev coördineerde persoonlijk het offensief tegen de 17. Armee dat Kraków verdedigde. Het hoofkwartier van de 17. Armee bevond zich in Nowy Wiśnicz, ongeveer 47km zuidoostelijk van Kraków. Terwijl het 60e Leger frontale druk leverde tussen Dębica en Jasło op Tarnowa, naderden het 59e Leger en het IV Garde Tankkorps vanuit het noorden en westen.
Diezelfde dag om 3 uur ‘s middags werd de Wawel-burcht (tevens zetel van Generalgouverneur Hans Frank) in Kraków door de Sovjet-luchtmacht gebombardeerd. Twee vliegtuigbommen troffen het complex met als resultaat dat het archief van het Generalgouvernement in vlammen opging. De laatste zitting van de regering van het Generalgouvernement werd gehouden op 17 januari. In de nacht van 17 op 18 januari 1945 vluchtten Hans Frank en zijn trawanten uit Kraków richting Beieren.
Op 18 januari, omstreeks 4 uur ’s middags, drong het 1e Oekraďense Front door in de buitenwijken van Kraków. De Heeresgruppe A begon die dag met de evacuatie van de 17. Armee uit Kraków.
Sleutelpunten in en om de stad bleven echter nog wel bezet (zoals de forten) door afzonderlijk opererende groepen Duitse soldaten om rugdekking te geven aan de geëvacueerde 17.Armee. Fort 47a "Węgrzce" was het belangrijkste Duitse bolwerk in het noorden van Kraków. De gevechten om dit fort waren fel en duurden maar liefst drie dagen. Het garnizoen capituleerde toen zware Sovjettanks het fort vanuit het zuiden onder vuur begonnen te nemen. De forten 49a "Dłubnia" en 50 ˝ "o Barycz" werden ook zwaar bevochten. Fort 50 "Prokocim" werd door Oekraďense Waffen-SS soldaten van de 14. Waffen-Grenadier-Division der SS (ukrainische Nr.1) hardnekkig verdedigd. Andere forten vielen echter al snel in handen van het Rode Leger. Zo werd Fort 51 "Rajsko" op 19 januari haastig bezet door terugtrekkende Duitse soldaten die al na een kort gevecht met Sovjet troepen capituleerden. Het Duitse garnizoen van Fort 45a "Bibice" had nog minder geluk. Eenheden van het 1e Oekraďense Front omsingelden het fort en lieten de zware artillerie het werk doen. Na enkele voltreffers gaven de Duitsers zich over. Zowel 45 "Zielonki" als 45a "Bibice" werden veroverd door de 92e Infanteriedivisie onder kolonel Vinogradov. Diezelfde dag mislukte de sabotage van de forten "Kościuszko" en "Tonie" onsuccesvol door terugtrekkende Duitse troepen.
De Duitse verzetshaarden in het noordelijke deel van de stad waren al op 18 januari 1945 opgerold. Op 19 januari was de stad volledig bevrijd. Dankzij het ingrijpen van het AK en de snelle opmars van het Rode Leger slaagde het Duitse leger er niet in om Kraków op te blazen. Volgens Sovjet-bronnen was het een speciaal getrainde groep van NKVD-officieren die de explosieven en mijnen onschadelijk hadden gemaakt. Tegenwoordig wordt dit verhaal door vele historici bestempeld als propaganda om de toenmalige Poolse-Sovjet vriendschap te benadrukken. Het waren namelijk Poolse verzetslieden van de AK die de historische stad behoed hadden voor een tragedie. Op 10 mei 2007 werden twee voormalige NKVD-officieren geëerd door de Russische president Vladimir Poetin voor het ‘redden van Kraków’. Het ging om de volgende twee personen:
Maarschalk Konev blikte in zijn in 1969 gepubliceerde oorlogsdagboek terug op de bevrijding van Kraków en had het volgende te vertellen:
"Er wordt gezegd dat in de loop van een lange oorlog soldaten gewend raken aan de aanblik van ruďnes. Maar ondanks deze gewenning kunnen zij nooit met hen verzoenen en we waren dan ook enorm blij dat we Kraków intact hadden bevrijd" (Konev, 1969, 31-32).
Dat het Rode Leger Kraków intact had veroverd betekende niet dat de stad niet te kampen had met materiële schade. Ongeveer 450 gebouwen en militaire faciliteiten in de stad werden tijdens de slag verwoest of zwaar beschadigd als gevolg van beschietingen, bombardementen en door toedoen van het terugtrekkende Duitse leger. Onder deze beschadigde gebouwen was het centraal station van Kraków (Kraków Główny) en de Universiteit voor Wetenschap en Technologie (AGH). Daarnaast was een groot aantal opslagplaatsen afgebrand. Het terugtrekkende Duitse leger had alle bruggen over de Wisła (op één na) op 18 januari opgeblazen. Na de slag lagen de uitgestrekte weilanden rond Kraków bezaaid met zowel gesneuvelde Duitse als Sovjet-soldaten.
De gevechten rond de stad gingen gepaard met oorlogsmisdaden aan beide kanten. In deze dagen werden nauwelijks krijgsgevangenen gemaakt. Ooggetuigen spreken vooral van ongekende wreedheden begaan door het Rode Leger. Zo maakte ten zuiden van Kraków een Sovjet- tankbemanning een aantal Duitse soldaten krijgsgevangen. Vervolgens werden zij gedwongen om in een rij te liggen, zodat de tank over hen heen kon rijden.
De inname van Kraków was een grote overwinning voor het Rode Leger gezien de associatie met de oude hoofdstad van Polen en omdat nu de weg naar het industriegebied van Opper-Silezië open lag . Dit gebied werd diezelfde maand door Konev’s 1e Oekraďense Front veroverd. Op 27 januari bevrijdde de 322e Jagerdivisie van het 60e Leger (1e Oekraďense Front) het vernietigingskamp Auschwitz. Ondertussen was maarschalk Zhukov’s 1e Wit-Russische Front erin geslaagd om Warschau (17 januari) en Łódź (19 januari) te bevrijden, waarna zijn troepen de Meseritz gefortificeerde regio doorbraken. Op 2 februari 1945 was het Rode Leger in Oost-Duitsland doorgedrongen op een afstand van 70 kilometer van Berlijn.
De oude forten om Kraków staan er allemaal nog en een paar zijn vrij te bezoeken. De forten die vrij te bezichtigen zijn verkeren doorgaans in een slechte staat. Fort 45a “Bibice”, Fort 50 "Prokocim" en Fort 51 “Rajsko” staan er verlaten bij. Fort 47a “Wćgrzce”, Fort 49a "Důubnia" en Fort 50 ˝ “o Barycz” verkeren echter in particuliere handen. Bij een aantal van deze forten is op sommige plaatsen nog goed de schade van de strijd te zien.
In de stad zelf zijn er nog maar weinig ‘stille getuigen’ van de slag. De laatste jaren is Kraków grotendeels opgeknapt en ontdaan van haar oorlogsschade. Een aantal gebouwen verspreid over de stad draagt nu nog kogel- of scherfinslagen en is met een beetje goed geluk aan te treffen. Wel zijn er tegenwoordig nog een paar betonnen tankversperringen van het type ‘drakentanden’ aan de Mogilskastraat/Janusza Meissnerastraat te bezichtigen en schuilbunkers in de ‘Duitse wijk’ aan de Królewskastraat. Op de Cmentarz Wojskowy (militaire begraafplaats), tegenover de Cmentarz Rakowice (Rakowice begraafplaats) bevindt zich een aantal erevelden met slachtoffers uit de Tweede Wereldoorlog. Twee van deze erevelden kunnen in verbinding gebracht worden met de slag om Kraków. Allereerst is er het Duitse ereveld. Dit ereveld bevat de stoffelijke overschotten 2747 Wehrmacht- en Waffen-SS soldaten. Een onbekend percentage van dit aantal viel tijdens de slag om Kraków. Op het Sovjet-ereveld rusten 1578 soldaten en officieren van het 59e en 60e Leger. Zij vielen allen in januari 1945, tijdens het offensief tegen de stad. Naast deze twee erevelden, zijn er op de Cmentarz Wojskowy ook een Pools en een Gemenebest-ereveld te bezichtigen.