De meest directe en zichtbare bijdrage die de Koninklijke Marine leverde aan de bevrijding van Nederland, was de deelname aan de mijnenveegacties op de Schelde in de tweede helft van 1944. Na de grote geallieerde invasie in Normandië, op 6 juni 1944, trokken de Amerikaanse, Britse, Canadese en Poolse troepen West-Europa binnen. De opmars verliep echter langzaam omdat de Duitsers overal hardnekkige weerstand boden. Na drie maanden van hevige strijd trokken geallieerde troepen op 2 september 1944 België binnen, waar de strijd aanmerkelijk vlotter verliep. Reeds een dag later werden Brussel en Tournai bevrijd en de dag daarop Mechelen, Leuven en Antwerpen. Vooral die laatstgenoemde stad was van groot belang voor de geallieerden. Antwerpen was in grootte de derde haven van West-Europa en zonder veel strijd vrijwel geheel intact veroverd. De Duitsers benadrukten dit belang toen zij op 16 december van dat jaar het Ardennenoffensief ontketenden dat als voornaamste doel had het heroveren van Antwerpen.
Om gebruik te kunnen maken van Antwerpen als haven moest echter de zeventig kilometer lange waterweg van de Scheldemond tot de Vlaamse havenstad bevaren kunnen worden. Het laatste deel van dit traject, tussen Zeeuws-Vlaanderen, Zuid-Beveland en Walcheren, stond nog steeds onder Duitse controle. Om Walcheren te veroveren was een amfibische landing noodzakelijk van niet geringe omvang: operatie Infatuate. Nadat Britse bommenwerpers grote gaten in de dijken hadden geslagen, waardoor een groot gedeelte van het eiland onder water kwam te staan, gingen op 1 november de eerste geallieerde aanvalsgolven aan land. Te Vlissingen wist het Britse No. 4 Army Commando na een felle strijd de Duitsers te verdrijven. Ook te Westkapelle moest hevig worden gevochten, maar de zware batterijen van het Britse slagschip HMS Warspite en de monitors HMS Erebus (I02) en HMS Roberts (F40) gaven vuursteun aan de geallieerde troepen. Bovendien kregen de Britten en Canadezen luchtsteun van jachtbommenwerpers en met raketten uitgeruste Typhoons.
In de nacht van 2 op 3 november veroverden de oprukkende Canadese troepen de Sloedam, de verbindingsdam tussen Zuid-Beveland en Walcheren. De Duitsers waren nu van drie zijden ingesloten en capituleerden op 8 november. Er werden zo`n 2.000 Duitse soldaten krijgsgevangen gemaakt. Omdat inmiddels ook geheel Zeeuws-Vlaanderen veroverd was, was de monding van de Schelde nu in geallieerde handen en kon een begin gemaakt worden met het mijnenvrij maken van de Westerschelde. De haven van Oostende was al op 10 september in geallieerde handen gevallen en van Britse zijde werd alles in het werk gesteld om deze zeehaven zo spoedig mogelijk in te schakelen voor de aanvoer van meer troepen.
Drie dagen nadat Oostende was veroverd, vertrokken een Brits en een Nederlands flottielje mijnenvegers uit Harwich. De beide flottieljes stonden onder bevel van Captain T. Marsh van de Royal Navy. Het Britse flottielje bestond uit de houten Motor Minesweepers HMS MMS 1081, HMS MMS 1042 en HMS MMS 1044 van het zogenaamde 126 voet type, de vier Motor Launches HMS ML 216, HMS ML 345, HMS ML 454 en HMS ML 915 en het voorraad- en moederschip HMS Locust, een omgebouwde rivierkanonneerboot van de Dragonfly-klasse. De Nederlandse eenheden waren de motormijnenvegers van de Ameland-klasse Hr. Ms. Putten, Hr. Ms. Beveland, Hr. Ms. Terschelling (II), Hr. Ms. Texel (II) en Hr. Ms. Ameland. Dit waren in Groot-Brittannië aangekochte zusterschepen van de Motor Minesweepers. De Motor Launches waren motorboten van zo`n 70 ton met geringe diepgang, die eigenlijk bedoeld waren voor de verdediging van Britse havens. Toen dit aan het einde van de oorlog nauwelijks meer nodig was, werden vele van deze schepen omgebouwd tot mijnenvegers. Op donderdag 14 september werd met vegen aangevangen bij Oostende richting de Scheldemond. Het mijnenvrij maken van de Belgische kustwateren werd bemoeilijkt door een zware storm, maar de stormschade die de geallieerde mijnenvegers opliepen was niet van ernstige aard. Op 19 september liep HMS ML 216 op een mijn en werd ernstig beschadigd. Op 28 september werden vier van de vijf Nederlandse mijnenvegers afgelost door de Ameland-klasse motormijnenveger Hr. Ms. Rozenburg en de motormijnenvegers van de Duiveland-klasse Hr. Ms. Duiveland, Hr. Ms. Schokland en Hr. Ms. Walcheren. De Duiveland-klasse motormijnenvegers waren eveneens in Groot-Brittannië aangekochte houten mijnenvegers, maar dan van het zogenaamde 105 voet type. In totaal werden er dertien grondmijnen door de Nederlandse mijnenvegers geruimd voor de Belgische kust.
Aanmerkelijk groter van opzet was operatie Calendar, het mijnenvrij maken van de zeventig kilometer lange waterweg tussen Antwerpen en de Scheldemond. Deze operatie, die onder commando stond van de Britse Captain H. Hopper, begon op 2 november. Aan deze omvangrijke mijnenveegoperatie namen tien flottieljes deel: negen Britse en één Nederlandse. Het Nederlandse flottielje bestond uit de mijnenvegers Hr. Ms. Beveland, Hr. Ms. Terschelling (II), Hr. Ms. Texel (II) en Hr. Ms. Vlieland en stond onder bevel van luitenant-ter-zee der 1e klasse A.A. Oepkes. In totaal namen meer dan honderd vaartuigen deel aan deze mijnenveegactie. De schepen maakten, in formatie varend, in totaal zestien mijnenveegslagen tussen Antwerpen en de Scheldemonding. Hierbij werden tuigen getrokken tegen verankerde contactmijnen, akoestische en magnetische mijnen. De vier Nederlandse mijnenvegers opereerden vanuit Terneuzen en veegden op de Schelde tussen Wielingen en Bath. Op 11 november werd Hr. Ms. Beveland zwaar beschadigd door een mijn die vlakbij het schip tot ontploffing kwam. Het schip moest voor reparatie terugkeren naar Engeland. Op 26 november verklaarde Captain Hopper de Schelde mijnenvrij. De geallieerde mijnenvegers maakten in totaal 267 mijnen onschadelijk waarvan de Nederlandse schepen er eenentwintig voor hun rekening hadden genomen.
Al op 26 november 1944 arriveerden drie geallieerde kustvaarders vanuit Engeland in Antwerpen. Twee dagen later liep het eerste geallieerde konvooi, T.A.C. 58A, bestaande uit achttien zeeschepen, Antwerpen binnen. Op 7 december vertrokken de laatste geallieerde mijnenvegers uit het Scheldegebied. Ondanks het feit dat de gehele Schelde mijnenvrij was verklaard, liepen in december 1944 nog negen schepen in dit gebied op mijnen en een aantal daarvan ging verloren. Dit kwam door het feit dat de Duitsers na 26 november 1944 nog herhaaldelijk met behulp van vliegtuigen en Schnellboote mijnen legden en door het feit dat er toch nog mijnen waren blijven liggen. In de haven van Antwerpen liep de Belgische sleepboot Orion op een mijn. Op 3 december kwam het Amerikaanse vrachtschip Francis Ashbury in aanvaring met een mijn en vier dagen later overkwam het Britse koopvaardijschip Samsip hetzelfde. Op 11 december ging HMS MMS 257 verloren na een aanvaring met een mijn en op 15 december onderging het Britse vrachtschip Fort Maisonneuve hetzelfde lot. De volgende dag liep de Britse tanker RFA (Royal Fleet Auxiliary) War Diwan, die deel uitmaakte van konvooi T.A.M. 19, op een mijn tussen de boeien NF 15 en NF 17 en brak doormidden. Twee dagen later werd het Amerikaanse schip Steel Traveller slachtoffer van een dergelijk explosief op de Westerschelde. De dag voor Kerstmis 1944 liep het Britse schip Empire Path op een mijn en op eerste kerstdag werd het Britse fregat HMS Dakins (K550) slachtoffer van een mijn in de Noordzee op ongeveer veertien mijl ten noorden van Oostende. Het oorlogsschip liep grote schade op, maar kon toch nog veilig thuishaven Harwich bereiken.
Ook in 1945 en jaren daarna kwamen er incidenteel nog schepen in aanvaring met mijnen in het Scheldegebied. De zeemijnen waren na de Tweede Wereldoorlog een groot probleem voor de scheepvaart, niet alleen in Zeeland, maar over de hele wereld. Voor het opruimen van de mijnen in Europa en de aangrenzende zeegebieden werd een internationale organisatie in het leven geroepen: de Central Mine Clearance Board. Hierin waren de Verenigde Staten, Groot-Brittannië, Frankrijk en de Sovjetunie de belangrijkste vertegenwoordigers. Onder deze raad kwamen de vier zogenaamde Zone Boards tot stand. Nederland was vertegenwoordigd in de East Atlantic Zone Board, die op 15 augustus 1945 zijn werkzaamheden begon. België, Denemarken, Groot-Brittannië, Frankrijk en Noorwegen maakten eveneens deel uit van deze Zone Board. De Sovjetunie en Zweden zonden waarnemers. Nederland kreeg van de board de verantwoordelijkheid over het mijnenvrij maken van de Nederlandse wateren tot veertig mijl uit de kust. Hiervoor kon Nederland buiten haar eigen potentieel, beschikken over een tiental Amerikaanse mijnenvegers van het BYMS-type (Brooklyn Yard Mine Sweeper) en over eenheden van de voormalige Kriegsmarine, die nu ressorteerden onder de German Minesweeping Administration te Hamburg. Deze organisatie werd gedirigeerd door de Royal Navy. Het moederschip Tanga en 23 kustmijnenvegers (Räumboote) werden aangewezen voor het opruimen van mijnen in de Nederlandse zone.
In oktober 1945 waren de belangrijkste vaarwegen in Nederland mijnenvrij gemaakt en vertrokken de acht motormijnenvegers van de Duiveland-klasse naar Nederlands Oost-Indië. Samen met de mijnenlegger Hr. Ms. Jan van Brakel, die als moederschip en flottieljeleider fungeerde, werden de vaarroutes in de Nederlandse kolonie mijnenvrij gemaakt. Hr. Ms. Walcheren liep hierbij op 19 november 1946 bij Balikpapan, Oost-Borneo, op een Japanse mijn en zonk. Hierbij kwamen drie bemanningsleden om het leven.