De Amerikaanse marine was gesegregeerd, net als de Amerikaanse samenleving. Zo waren er bijvoorbeeld aparte scholen of cafés voor Afro-Amerikaanse burgers en blanke burgers. Tot 1920 werden Afro-Amerikanen gemengd op schepen van de Amerikaanse marine, maar dat was daarna niet meer toegestaan. In plaats daarvan moesten er speciale eenheden komen, maar lang bestonden die niet. Vanaf 1922 werden Afro-Amerikanen helemaal niet meer toegelaten in de marine. In plaats daarvan werden bewoners van de Filipijnen gehaald om verschillende eenvoudige taken aan boord van de schepen uit te voeren. Dit ging door tot 1932, toen de Filipijnse onafhankelijkheidsbewegingen zich begonnen te roeren en er weer behoefte was aan nieuwe vrijwilligers. Afro-Amerikanen konden vanaf dat moment echter enkel als Stewards aan de slag, wat betekende als keukenpersoneel. Dit hield in dat ze onder andere eten klaarmaakten en serveerden, de was deden en ander eenvoudig werk uitvoerden.[1]
In juni 1939 telde de Amerikaanse marine 2.807 Afro-Amerikanen, terwijl dat jaar de totale sterkte 125.202 man was, waardoor ze 2,2 % van de manschappen vormden. Geen enkele Afro-Amerikaan was officier of adjudant. In juni 1940 waren er 4.007 Afro-Amerikanen bij de marine, maar nog steeds geen enkele met een officiersrang. In juni 1941 was dit aantal opgelopen tot 5.026. De totale sterkte dat jaar was 383.150. Hierbij moet de kanttekening geplaatst worden dat het niet bekend is of deze peiling aan het begin of aan het einde van het jaar gemaakt is.[2]
Andere taken dan in de keuken voor Afro-Amerikanen werden door Frank Knox, de minister van de marine onder Franklin Roosevelt, op 2 mei 1941 uitgesloten, omdat dit "onenigheid en demoralisatie" zou uitlokken. In oktober 1941 zou hij herhalen dat het beter was dat de Afro-Amerikanen slechts bij het keukenpersoneel werden ingelijfd, omdat dit beter was voor het functioneren van het schip als geheel. Eerder had hij verklaard dat gevechtsposities voor Afro-Amerikanen niet waren toegestaan, omdat het enkel in de keuken toelaten van "mannen van het gekleurde ras in het beste belang van algemene scheepsefficiëntie was."[3] Pas op 7 april 1942 zou Knox moeizaam toegeven dat Afro-Amerikaanse vrijwilligers voor algemene dienst konden worden aangenomen.[4] Frank Knox overleed op 28 april 1944. Hij werd opgevolgd door James Forrestal. Die stond sympathieker tegenover de Afro-Amerikaanse participatie.
Afro-Amerikanen hadden te maken met constante discriminatie tijdens hun deelname aan de oorlog. Nadat er in Port Chicago in Californië bij het inladen van een schip munitie was ontploft, waarbij meer dan 300 slachtoffers vielen, het merendeel Afro-Amerikaans, werden 50 andere Afro-Amerikanen gestraft omdat zij weigerden hun werk nog uit te voeren. Bijna alle mannen die in Port Chicago weigerden door te werken en gevangen waren gezet, werden pas op 12 januari 1946 vrijgelaten, nadat de marine stappen had ondernomen om gemengde eenheden te promoten.
Op het eiland Guam in de Filipijnenzee moesten Afro-Amerikanen in december 1944 de wapens opnemen om zich veilig te voelen tegen blanke aanvallers. Het eiland was op 10 augustus 1944 heroverd op de Japanners. Tijdens de kerstdagen van 1944 escaleerde de situatie in Agana, de grootste stad van het eiland. Amerikanen gingen naar de stad voor vermaak en ontspanning. Zowel blanke mariniers van de Third Marine Division als Afro-Amerikaanse verlofgangers legden contact met de lokale bewoonsters, wat de eerste groep niet waardeerde van de tweede groep. Lokale initiatieven, veelal uitgevoerd door kleine groepjes, ontstonden om de Afro-Amerikanen te weren, zoals door deze hardhandig de stad uit te werpen of door ze te bekogelen met stenen of rookgranaten. De provoost-maarschalk probeerde de situatie nog te de-escaleren door te benadrukken dat discriminatie verboden was, maar ondertussen werden de klachten van de Afro-Amerikanen niet serieus genomen.[7]
Tijdens kerstavond nam de spanning tussen de blanke mariniers en de Afro-Amerikanen toe. De mariniers schoten op de Afro-Amerikanen om hun de stad uit te drijven. De Afro-Amerikanen wilden terugkeren toen zij te horen kregen dat één van hun vrienden was doodgeschoten. De militaire politie en de terugkeer van de vermiste vriend zorgde voor een rustige afloop. Echter later zou het opnieuw bijna tot een confrontatie komen toen de mariniers verhaal kwamen halen voor een van hun kameraden, die gewond was geraakt door een stuk koraal dat tegen zijn hoofd was gegooid.
Overdag kwam het tot een escalatie. Een Afro-Amerikaan werd door dronken mariniers neergeschoten. Andere verhalen die de ronde deden waren dat een Afro-Amerikaan een blanke had gedood, terwijl er ook verhalen waren over een Afro-Amerikaan die gewond was geraakt na een beschieting. De escalatie kwam toen het Afro-Amerikaanse kamp vanuit een jeep met een machinegeweer werd beschoten. De Afro-Amerikanen gingen in de tegenaanval, maar de daders konden ontkomen. Een blanke van de militaire politie raakte gewond toen hij werd beschoten door Afro-Amerikanen die uit waren op wraak. Meer dan veertig van hen klommen in een vrachtwagen om met knuppels en messen in Agana hun recht te laten gelden. Bij een wegversperring konden ze worden tegengehouden, waarna ze werden ingerekend en later gevangenisstraf kregen. Ook enkele blanken kregen straf voor hun aandeel in de confrontatie.[8]
Tegen het einde van de oorlog werden er pas successen behaald. Zo was er de torpedojager USS Mason, die 160 Afro-Amerikanen aan boord had en 44 blanken. Later kwam daar de onderzeebootjager PC 1264 bij, die 53 Afro-Amerikanen aan boord had en acht blanken.[9] De geleidelijke versoepeling van de segregatie was niet per se ingegeven door idealistische redenen. Een nadeel van segregatie was namelijk dat bijvoorbeeld trainingskampen tweemaal beschikbaar moesten zijn. Voor Afro-Amerikaanse rekruten moesten eigen faciliteiten opgericht worden. Pas na de Tweede Wereldoorlog kwam er een volledig einde aan de segregatie.