Johannes Blaskowitz werd geboren op 10 juli 1883 in Peterswalde. Nadat hij zijn opleiding genoten had bij de cadettenschool in Köslin en in Gross-Lichterfelde (Berlijn) trad hij in 1901 bij het Pruisische leger in dienst als infanterist. In 1909 ging Blaskowitz naar de officiersschool waar hij in 1911 afstudeerde. Daarna kreeg hij de leiding over een infanterieregiment.
Toen de Eerste Wereldoorlog uitbrak, werd Blaskowitz met zijn regiment naar het oostfront gestuurd, waar Duitsland samen vocht met Oostenrijk-Hongarije tegen de troepen van de tsaar van Rusland. Blaskowitz kreeg door zijn uitmuntende leiderscapaciteiten en dapperheid diverse militaire onderscheidingen uitgereikt, zowel het IJzeren Kruis 2e klasse als het IJzeren Kruis 1e klasse.
Na de oorlog trad Blaskowitz toe tot de Reichswehr. Dat was het Duitse leger dat door het verdrag van Versailles niet groter mocht zijn dan 100.000 manschappen. Blaskowitz was inmiddels al opgeklommen tot de rang van majoor. Blaskowitz was in het interbellum aanvoerder van verschillende regimenten en uiteindelijk van de Duitse 2de Infanteriedivisie.
Nadat Adolf Hitler aan de macht gekomen was, werd het Duitse leger uitgebreid. Blaskowitz was hier ook actief bij betrokken. Als infanterieofficier was hij medeverantwoordelijk voor het uitbreiden van het grootste legeronderdeel: de infanterie.
Voordat de Tweede Wereldoorlog officieel begon, was hij legeraanvoerder bij de bezetting van het Sudetenland in oktober 1938 en bij de bezetting van de rest van Tsjechoslowakije in het voorjaar van 1939. In september 1939, bij het officiële begin van de Tweede Wereldoorlog, was hij aanvoerder van het Achtste Leger bij de verovering van Polen. Hij werd daar geconfronteerd met hevige tegenstand in de gevechten bij de Bzura. Nadat de hard bevochten overwinning behaald werd, was Blaskowitz betrokken bij de besprekingen tot overgave van Warschau. Nadat die na lang onderhandelen ondertekend werd door de Polen werd Blaskowitz bevorderd tot kolonel-generaal en ontving hij als één der eersten het Ridderkruis.
Blaskowitz was na de val van Polen bevelhebber van het veroverde Poolse gebied. Nadat de Duitsers Polen bezet hadden, voerde de SS hier een schrikbewind tegenover krijgsgevangenen en de burgerbevolking. Blaskowitz was één van de weinigen die hiervoor bewijsmateriaal verzamelde en die namens de Wehrmacht aanbood aan de opperbevelhebber veldmaarschalk Von Brauchitsch. Hitler was echter niet van plan om de SS een halt toe te roepen. Integendeel, hij was hier zelfs een groot voorstander van. Doordat Blaskowitz bij Hitler bleef protesteren, verving hij de bevelhebber door Hans Frank, die generaalgouverneur werd van Polen.
Na de voor Duitsland succesvol verlopen campagne in mei 1940 kreeg Blaskowitz de leiding over het bezettingsleger in Frankrijk. Hij was betrokken bij de strijd tegen de 'résistance', het Franse verzet. Dit bleef hij doen totdat in juni 1944 de Amerikanen landden in Normandië. Als aanvoerder van Legergroep G had hij de opdracht om een eventuele landing in Zuid-Frankrijk af te wenden. Toen de geallieerden in augustus 1944 landingen uitvoerde (operatie Anvil / Dragoon) aan de zuidkust van Frankrijk, wist hij zich al vechtend noordwaarts terug te trekken. Eind 1944 had Legergroep G al bijna de Duitse grens gepasseerd. Hij kreeg in januari 1945 de opdracht om in navolging van het Ardennenoffensief een tweede offensief tegen de Amerikanen te lanceren in Elzas/Lotharingen. Na hevige gevechten werd deze aanval echter net zoals het Ardennenoffensief een fiasco voor de Duitsers.
Als gevolg hiervan werd Blaskowitz overgeplaatst naar de 'Festung Holland', waar hij bevelhebber werd van Legergroep H. Hoewel hij meewerkte aan onderhandelingen met de geallieerden inzake voedseldroppings voor de hongerige bevolking en ook Hitlers bevel tegenwerkte om zonodig de gehele infrastructuur in West-Nederland te vernietigen, werden tijdens zijn commando toch grote vernielingen in de havens aangericht en werd op 17 april de Wieringermeerpolder onder water gezet. Op 5 mei 1945 werd hij door de Canadese generaal Charles Foulkes ontboden naar Hotel de Wereld te Wageningen om de capitulatie te bespreken. Hij vroeg 24 uur bedenktijd en tekende een dag later alsnog de overgave in een kapotgeschoten boerderij in het gehucht de Nude, aan de weg van Rhenen naar Wageningen.
In de Neurenbergprocessen werd Blaskowitz aangeklaagd voor misdaden tegen de menselijkheid. Uitgerekend hij die na de Duitse bezetting van Polen zo heftig tegen Hitler protesteerde tegen de misdaden van de SS. Blaskowitz kon het niet meer aan en pleegde op 5 februari 1948 zelfmoord in de gevangenis van Neurenberg door van een galerij af te springen. Er bestaan geruchten dat hij in de gevangenis vermoord zou zijn door SS'ers, vanwege zijn weerstand tegen de oorlogsmisdaden van de SS tijdens de oorlog, maar dit is nooit bewezen.