Alphonse Juin werd geboren in Algerije op 16 december 1888. Hij ging naar de officiersopleiding, die hij in 1912 afrondde. Daar werd hij goede vrienden met De Gaulle.
Na het voltooien van zijn opleiding voegde hij zich bij het 1e Algerijnse Tirallieurregiment in Marokko. Na het uitbreken van de Eerste Wereldoorlog werd Juin naar het westfront gestuurd in Europa om het op te nemen tegen de Duitsers. Hij nam onder andere deel aan de slag bij de Marne in september 1914. Later raakte hij ook ernstig gewond aan zijn rechterarm en hij was voor 8 maanden uitgeschakeld. In december 1915 werd Juin gepromoveerd tot kapitein en hij kreeg het bevel over een tirailleurcompagnie. Na hevige gevechten aan het westfront overleefde hij de oorlog en kreeg diverse onderscheidingen.
In het interbellum diende Juin als commandant van verscheidene koloniale bezettingsmachten in onder andere Tunesië en Marokko. Inmiddels gepromoveerd tot brigadegeneraal kreeg hij net na het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog het bevel over de 15e gemotoriseerde infanteriedivisie.
Toen de Duitsers op 10 mei 1940 de Lage Landen en Frankrijk aanvielen stak generaal Juin met zijn divisie de grens met België over. Na 50 kilometer stuitte hij op het Duitse 6e Leger. Na hevige gevechten werd hij gedwongen terug te trekken naar Valenciennes en Lille. Door gebrek aan munitie zat er niets anders op dan zich over te geven aan de Duitsers op 30 mei 1940.
Alphonse Juin werd gevangengehouden door de Duitsers, maar Hitler liet hem vrij onder druk van Vichy-Frankrijk. Generaal Pétain benoemde hem hierna tot bevelhebber van alle Franse troepen in Marokko en later tot bevelhebber van alle Franse troepen in Noord-Afrika. Hier weigerde hij de Duitsers gebruik te laten maken van havens, spoorwegen en wegen in Tunesië. Juin stond bekend om zijn anti-Duitse opstelling en toen de geallieerden operatie Torch uitvoerden en landden in Noord-Afrika op 8 november 1942 was hij mede verantwoordelijk voor de Franse capitulatie aldaar.
Na de overgave aan de Amerikanen voegde hij zich met zijn troepen bij de geallieerden en vocht tegen de As-mogendheden wat uiteindelijk resulteerde in de bevrijding van Tunis op 13 mei 1943. Na het verdrijven van de As-mogendheden van het Afrikaanse continent vocht Juin in Italië, onder andere in de slag om Monte Cassino. Nadat Poolse troepen uiteindelijk de tegenstand braken rukte Juin met zijn troepen op naar Anzio, waar hij op 24 mei 1944 aankwam. Vervolgens bevrijdde hij Siena op 3 juli 1944. Hierna keerde Juin terug naar Frankrijk waar hij de op één na hoogste positie verwierf onder generaal Charles de Gaulle.
Bij de bevrijding van Europa nam Juin deel aan hevige gevechten in de Elzas en de Vogezen. Hij nam deel aan de opmars door Zuid-Duitsland waar hij uiteindelijk ook de oorlog eindigde.
Na de oorlog werd Juin opnieuw bevelhebber van Franse troepen in Marokko van 1947 tot 1951. Hierna werd hij bevelhebber van de Europese grondstrijdkrachten van de NAVO. In 1956 keerde hij terug naar Noord-Afrika. Juin kwam hierna nog in opspraak door zijn hevige tegenstand van een onafhankelijk Algerije in 1961. Hierdoor werd hij uit de generale staf gezet. Alphonse Juin stierf in Parijs op 27 januari 1967.